"La pandemia nos ha enseñado a estar alerta a la introducción de nuevas enfermedades"

La pandemia ha transformado el Laboratorio de Microbiología del Hospital Virgen del Rocío. Mucho ha cambiado el ritmo de la demanda asistencial y de las novedades tecnológicas desde aquel 26 de febrero de 2020 cuando se confirmó el primer contagio de Covid-19. Lejos quedan aquellos primeros días cuando las muestras se enviaban al Centro Nacional de Microbiología, como hacían otros hospitales de España. Hoy, 426 días después de aquel diagnóstico, sigue siendo de valorar el trabajo de un conjunto de héroes, de los llamados invisibles, a los que, a diferencia de lo que ocurre con su médico o su enfermero, no se les pone cara. Son los técnicos de laboratorio que, desde el otro lado de los cristales, suman estos días una dosis de responsabilidad, cuando tanto se habla de nuevas cepas más contagiosas o virulentas.

José Antonio Lepe es el jefe de servicio de ese grupo de profesionales que suma ya alrededor de 200.000 PCR analizadas desde comienzos de la pandemia y que ha secuenciado 1.500 genomas de coronavirus en los últimos tres meses.

- ¿Qué queda del virus que salió de a ciudad china de Wuhan en diciembre de 2020?

La cepa original con la que comenzó la pandemia ha ido cambiando muchísimo a lo largo de todo este año y pico que llevamos. Los virus tienden a mutar, son cambiantes por naturaleza, y yo me atrevo a decir que, en estos momentos, de esa cepa queda muy poco por no decir absolutamente nada.

- ¿Cuántos genotipos del virus circulan en estos momentos entre los sevillanos?

Actualmente hay 23 linajes circulando por toda Andalucía Occidental, que es nuestra población de referencia.

- ¿Cuáles de ellos les preocupan?

Lo que nos preocupa es observar variantes nuevas de las que no teníamos noticias y que, en un momento dado, aparecen en nuestra zona, como es el caso de la ugandesa, que ya la describimos hace algunas semanas, pero, sobre todo, la expansión de dos variantes que están asociadas a mayor gravedad y transmisibilidad como son el linaje sudafricano y el brasileño, una vez que el británico es ya un mal inevitable y se ha convertido en dominante en nuestra provincia.

- ¿Cuál es la prevalencia actual de esas preocupantes variantes sudafricana y brasileña?

Comparado con la variantes británica, la circulación de estas cepas es anecdótica, es decir, es verdad que circulan, pero en un porcentaje muy bajo de población. Llevamos secuenciados, aproximadamente, unos 1.500 genomas de coronavirus y puede que estas estén circulando en unos 10 ó 15 casos, por lo cual, la circulación es baja. Pero precisamente nosotros vigilamos para eso, para ver la implantación que tiene y si se incrementa poder avisar rápidamente a las autoridades sanitarias y poder tomar medidas.

- ¿Es el virus SARS-CoV-2 un virus inteligente?

Los virus evolucionan en base a sus mutaciones. Muchas de esas mutaciones los llevan a calles sin salida, es decir, no le dan ninguna ventaja evolutiva sobre lo que había antes, pero sí hay otras que le confieren ventajas, sobre todo, en transmisión, y ahí es donde hay que estar alerta. Pero eso no es inteligencia; eso es evolución.

- ¿Qué hemos aprendido de él?

Desde el punto de vista epidemiológico, hemos aprendido que la microbiología no es un aspecto que estudiemos en un libro y siempre sea igual. Los microbiólogos, y la medicina en general, hemos aprendido que tenemos que estar alerta hacia la introducción de nuevas enfermedades que nunca se han tenido en cuenta y que, sin embargo, han cambiado, totalmente la asistencia sanitaria en el mundo. Es decir, hemos aprendido a estar preparados y a estar, sobre todo, bien informados.

- ¿Por qué cuesta tanto controlar a los virus?

En el caso del coronavirus, sobre todo, por su alta transmisión y porque es un virus nuevo sobre el que la población no tenía ninguna inmunidad previa que la pudiera proteger. A medida que las vacunas se vayan acelerando y vayan cubriendo cada vez a mayor población, esto será algo ya más anecdótico y entonces sí seremos capaces de ir controlando poco a poco la circulación del virus.

- ¿Cómo se trabajaba en el laboratorio del centro de referencia de Andalucía Occidental las semanas previas a la confirmación del primer contagio?

En los hospitales muchas cosas de las que se hacen se hacen por protocolos. En aquel momento, había una orden del Ministerio de Sanidad que indicaba que no había que hacer estudios de coronavirus a nadie que no viniera de las regiones que se consideraron de riesgo. Entonces, lo que veíamos en esos momentos era la llegada de pacientes con características clínicas muy similares a lo se describía como sintomatología del coronavirus, pero que, al no cumplir esos criterios, no podíamos diagnosticar.

- ¿Qué supuso esa confirmación de ese primer caso precisamente en este laboratorio?

Sabíamos que iba a pasar y pasó. Eso fue para nosotros el pistoletazo de salida que, más de un año después, ha supuesto el cambio radical de la vida en los hospitales y en los servicios de microbiología, mucho más. Nosotros siempre hemos sido muy invisibles porque hemos trabajado siempre en un segundo plano, pero todos los datos que se manejan por parte de Salud Pública y todas las decisiones que se toman a nivel mundial, se basan en resultados microbiológicos.

- ¿Cómo ha cambiado el trabajo en el laboratorio de microbiología?

Empezamos haciendo diagnósticos moleculares del coronavirus por PCR y así estuvimos un tiempo hasta que nos dimos cuenta que diagnosticar una infección ya era insuficiente y necesitábamos saber más sobre esa infección, es decir, qué linaje del coronavirus era el responsable de la misma porque ya nos habíamos dado cuenta de que el virus mutaba. Podemos decir que hemos tenido una evolución en dos saltos. Una fue desde el principio, en la primera ola, sobre todo, y parte de la segunda, con el diagnostico molecular por PCR, donde nos interesaba saber qué pacientes estaban infectados; y, otra, lo que está pasando con la tercera y cuarta ola donde, no sólo diagnosticamos pacientes infectados, sino que, además, vemos cuál qué variante del virus es el que los infecta. Llevamos un año casi y medio sin parar y me temo que así va a continuar porque, aunque la pandemia se controle con las vacunas, nosotros vamos a seguir vigilando igual.

- Asumió la coordinación del laboratorio en pleno estallido de la segunda ola, ¿qué le ha supuesto asumir esa responsabilidad?

Yo estoy en ese servicio desde hace muchos años y, bueno, fue una circunstancia un poco especial y lo único que pensé en ese momento era que había que seguir adelante e intentar dar mi mejor versión y no pensé en nada más que en eso, en que el laboratorio tenía que seguir dando sus asistencia y, por supuesto, todo lo demás pasaba a un segundo plano.

- ¿Qué balance hace hoy de ese trabajo?

La verdad es que han sido unos meses muy intensos. El descanso, no en mi caso, sino en el servicio entero, ha sido nulo. Tenemos muchísimas guardias porque somos un servicio 24 horas todos los días del año. Todo ha sido una presión de trabajo muy, muy importante que hemos asumido con toda la dignidad que hemos podido y yo creo que ahora mismo ha habido un salto cualitativo y cuantitativo muy grande hacia un diagnostico mucho más certero y profundo de la circulación y del virus en sí.

- ¿Cuántas pruebas llevan analizadas desde principios de 2020?

Estamos en unas 200.000 PCR a lo que le sumamos, desde aproximadamente el 31 de enero, la secuenciación de 1.500 genomas de coronavirus.

- ¿Se hacen pocas PCR?

Yo creo que hay que hacer lo que es necesario. Cuando el virus circula mucho hay que hacer muchísimas PCR y cuando la circulación del virus es más tenue, pues lógicamente se hacen menos. El número de PCR que se hacen, a muchas o pocas, viene dado por el volumen de pacientes con sintomatología o sospecha de contagio, no hay más.

- ¿Cuál es la aportación de este laboratorio a la configuración del mapa epidemiológico de Andalucía?

Nosotros somos los que analizamos y estudiamos el virus. Los diagnosticamos y después lo secuenciamos, es decir, vemos de qué linaje es. Esa es básicamente nuestra aportación. Después estos datos se dirigen hacia el estudio bioinformático, para la configuración de ese mapa epidemiológico, y hacia el hospital, si se trata de un paciente ingresado, para poder dar un mejor manejo clínico a cada caso, y, sobre todo, a salud publica para que le facilitemos la toma de decisiones en todo momento.

- ¿Qué es secuenciar el genoma del virus?

La secuenciación empieza cuando un paciente tiene síntomas. Se le hace una prueba PCR y es positiva. Una vez sabemos que hay virus y tenemos material para secuenciarlo, lo siguiente no es más que coger este material genético del virus, prepararlo, que es lo que llamamos construir una librería, es decir, vemos el código genético de este virus en particular y, posteriormente, tras un trabajo muy importante que dura varios días, introducimos la muestra en unos aparatos especiales que se llaman secuenciadores que son los encargados de leer el código genético letra a letra. Una vez tenemos esta lectura, lo que hacemos es interpretar esa secuencia del virus y asignarla a un linaje u otro, ver sus mutaciones, y caracterizarlo a un nivel total.

- En todo este tiempo trabajando con el virus, ¿hay algo que ha llamado especialmente vuestra atención?

A medida que hemos ido secuenciando hemos ido viendo variantes que, la verdad, no esperábamos. No creo que nadie esperara ver una variante brasileña o sudafricana en Andalucía. Eso es lo que más nos ha llamado la atención, el ver la facilidad con la que las variantes del virus se expanden a través del mundo.