Nueva herramienta para el estudio de patologías raras de origen genético

Las variaciones del número de copias (CNV por sus siglas en inglés) son alteraciones genómicas comunes que pueden contribuir al desarrollo de enfermedades. Las CNV son cambios en la cantidad de ADN presente en el genoma humano, que pueden involucrar la eliminación o duplicación de fragmentos de ADN que contienen uno o varios genes. Estas alteraciones pueden afectar la expresión de genes individuales o de regiones enteras del genoma, lo que puede influir en el riesgo de desarrollar una patología y pueden estar detrás de muchas enfermedades raras. Por ejemplo, se ha demostrado que las CNV contribuyen al desarrollo de enfermedades como el síndrome de Williams o el síndrome de Prader-Willi. Más del 12% de los casos de trastornos del neurodesarrollo pueden explicarse por una CNV. A pesar de ello, la distribución de las CNV en la población aún no se conoce bien.

El conocimiento de la variabilidad genética, especialmente a nivel de la población local, es un factor crítico para distinguir la variación patógena de la no patógena en el descubrimiento de nuevas variantes de enfermedades. Para contribuir a ese conocimiento, la Plataforma de Medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud ha impulsado la creación del Servidor Colaborativo de Alteraciones del Número de Copias de España (Spanacs), que actualmente contiene perfiles de variación del número de copias obtenidos de más de 400 genomas y exomas de individuos españoles no emparentados. Según explica Joaquín Dopazo, director de la Plataforma de Medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud, “es importante que tengamos una base de datos local porque, cuando uno va a buscar polimorfismos, las grandes bases de datos de estudios genéticos internacionales no suelen tener mucha población española”. “Cuando hicimos el primer estudio, detectamos que había más de 12.000 polimorfismos en la población española que no estaban recogidos en las bases de datos. Esto es un problema a la hora de detectar genes relacionados con una enfermedad”, añade.

Según explica el experto, “cuando una persona tiene un trozo de un cromosoma que se duplicado, o triplicado, o que se ha perdido al sufrir una deleción; esto causa aberraciones en cómo los genes se expresan”. Normalmente, estas alteraciones son bastante complicadas de evaluar. “Con esta iniciativa, hemos logrado evaluar la variabilidad genética a nivel de variación de polimorfismos del número de copias en la población española”.

Mediante un esfuerzo colaborativo de crowdsourcing se recogen continuamente datos de secuenciación de genomas y exomas completos, producidos por proyectos genómicos locales y para otros fines. Una vez comprobada tanto la ascendencia española como la ausencia de parentesco con otros individuos en el Spanacs, se infieren las CNVs para estas secuencias y se utilizan para poblar la base de datos.

"En todas estas enfermedades de base genética, aproximadamente el 50% de todos los pacientes que nos encontramos tienen ya una mutación conocida. Esa otra mitad desconocida, va a propiciar poder ver más mutaciones en el número de copias, que hasta ahora no se detectaban porque no se pueden manejar bien; y ahora vamos a tener la oportunidad de comparar una referencia de la población española”, aclara Dopazo. La presentación de este proyecto, su potencial y sus primeras conclusiones se han publicado el pasado mes de marzo en la revista Human GenomicsHuman Genomics.